В настоящее время большинство микробиологов придерживаются разделения клеточных микроорганизмов на три домена (царства): Bacteria (бактерии), Archaea (археи) и Eucarya (эукарии), введенных английским микробиологом К. Боузом с соавторами в 1977 г. Он впервые предложил концепцию архебактерий, затем названных им археями. Согласно этой концепции организмы всех трех линий эволюции появились от одного общего предка одновременно или почти одновременно. Эта система построена в результате молекулярно – генетических исследований. Бактерии и археи являются прокариотами, все остальные – эукариотами (эукариями). Отдельно существует царство вирусов.
В Eukarua вошли все эукариотические организмы, как одноклеточные, так и многоклеточные, включая человека. Группы, содержащие микроскопические объекты, — это:
— водоросли, являющиеся одноклеточными или колониальными фототрофами .
— грибы, микробиологическими объектами среди которых являются низшие (дрожжи) и высшие грибы (аспергиллы, пенициллы и т. д.)
— простейшие (малярийный плазмодий, трипаносомы и т. д.).
Домен Bacteria включает прокариотические микроорганизмы, имеющие типичные признаки бактерий, в частности клеточные оболочки, содержащие пептидогликан.
К сравнительно новому домену Archaea относятся микроорганизмы, разделенные на три филума:
1) все распространенные повсеместно микроорганизмы (метаногены,строгие анаэробы, экстремальные галофиллы, растущие при высоких концентрациях соли и др.).
2) микроорганизмы, имеющие узкие и специфические места обитания (экстремофиллы, зависящие, например, от наличия серных соединений в окружающей среде или имеющие свою индивидуальную температуру роста, значения которой отличаются экстремальными цифрами).
3) зарезервирован за представителями некультивируемых прокариот.
Систематика бактерий – сложная проблема. Современные классификации объединяют их в определенные группы на основе сходства по комплексу морфологических, физиологических, биохимических признаков (в частности по составу ДНК). Эти системы используются сейчас для распознавания (идентификации) тех или иных бактерий.
Систематика организмов заключается в классификации их по определенным группам, каждая из которых имеет название (класс, порядок, семейство, род, вид и т. д .). Вид – основная таксономическая единица. Виды объединяются в роды, роды – в семейства, затем следуют порядки, классы, отделы, царства.
Для названия микроорганизмов в микробиологии была принята бинарная номенклатура, включающая родовое и видовое название. Название рода основывается на морфологическом признаке соответствующего микроорганизма или является производной от фамилии открывшего или изучившего данный микроорганизм. Например, возбудители дизентерии – бактериирода шигеллы, названы в честь японского бактериолога К. Шига, первым подробно описавшего эти микроорганизмы в 1898 г. Видовое название связано с наименованием основного вызываемого этим микроорганизма заболевания или основным местом обитания. Таким образом, вид – это эволюционно сложившаяся совокупность особей, имеющая единый генотип, который в стандартных условиях проявляется сходными морфологическими, биохимическими и другими признаками.
В микробиологии часто употребляют термин «штамм». Это более узкое понятие, чем вид. Штаммами называют чистые культуры микроорганизмов одного и того же вида, выделенные из различных источников (воды, пищи, почвы, выделений организма). Близким к штамму является понятие клона – это совокупность потомков, выращенных из единственной микробной клетки.
В соответствии с принятыми в биологии правилами название бактерий, как и других организмов, дается на латинском языке и состоит из двух слов, первое обозначает род, к которому принадлежит данная бактерия, второе — вид. Родовое название пишется с прописной буквы, видовое — со строчной. Например, Streptococcus lactis относится к шаровидным бактериям, образующим цепочки (род Streptococcus), они вызывают скисание молока в результате сбраживания сахара в молочную кислоту, отсюда и видовое название lactis.
С 1 января 1980 г. введен новый кодекс номенклатуры бактерий. Широко используется признанный во всем мире и регулярно переиздаваемый международным коллективом авторов «Определитель бактерий Берджи», который содержит обобщающие знания по разнообразию прокариот. Согласно его принципам, легко выявляемые свойства являются основой для объединения бактерий в большие группы. Определитель предназначен для идентификации бактерий по фенотипическим признакам.
